28 января 2009 года на совещании с ректорами вузов России Андрей Фурсенко запретил учреждениям самим перераспределять бюджетные места, которые выделило Министерство образования и науки РФ. Руководитель данной структуры считает, что в условиях надвигающегося кризиса нельзя выпускать специалистов, профессии которых не востребованы на рынке труда, это касается юристов, экономистов, педагогов.
Для улучшения ситуации с трудоустройством выпускников Андрей Фурсенко предложил ректорам вузов организовать отделения и курсы дополнительного образования и переподготовки кадров. В свою очередь, Министерство образования и науки значительно увеличивает количество бюджетных мест (40 тысяч мест в 2009 году против 20 в 2008 году) для магистратуры. Андрей Фурсенко посоветовал учреждениям Высшей школы совместно с представителями бизнеса создавать малые предприятия, которые бы занимались трудоустройством выпускников.
Также на собрании, проходившем в МВТУ им.Баумана, были затронуты вопросы введения ЕГЭ в штатном режиме и обеспечения нормальных безопасных условий для учёбы иностранных студентов.